A XIII. században, a tatárjárás után épült a település középkori vára Sárospatak és Sátoraljaújhely között, a Vár-hegyen. Az oklevelek gyakran említették, az Anjouk alatt királyi, majd királynői tulajdon volt. A XVI. század második felében pusztult el. Ám ekkor már állt az az épületegyüttes, amit ma ismerünk.

A Bodrogköz szegélyén, a Bodrog partjának ideális stratégiai pontján helyezkedik el a sárospataki vár. Akkori birtokosa, Perényi Péter építtette 1534-1537 között, ezalatt az idő alatt nyerte el formáját a mai várkastély és erődítményei. Perényi bástyás várfalövvel vétette körül a középkori városközpontot és a külső vár délkeleti részében alakította ki új rezidenciáját, a belső várat. 1540-ben kezdtek hozzá a belső vár keleti részén a palotaszárny építéséhez, amely Perényi Péter fia, Gábor idején 1563-ban fejeződött be.

Feltehetően Perényi Gábor birtoklása idején, 1567-ben készült el a tornyot kívülről övező elővédbástya, a "párkány" is. Az együttest az észak-itáliai Alessandro Vedani terveivel, irányításával késő reneszánsz stílusban magyar mesteremberek készítették. (A román, gótikus faragványtöredékek a korábbi domonkos kolostor és a közeli várkastély maradványai.)

Ezután a vár 1573-ig kamarai kezelésben állott, majd a Dobó és a Lorántffy család tulajdonába került. Lorántffy Zsuzsanna 1616-ban kötött házasságot I. Rákóczi György későbbi erdélyi fejedelemmel, és Patak az ő hozományaként lett a Rákócziak birtoka, fejedelmi központja és összekötő híd a királyi Magyarország és Erdély között, ekkor kezdődött fénykora.

A Rákócziak is jelentős építkezéseket folytattak a belső vár területén, az építkezések kezdete az 1630-as évekre tehető; 1642-ben készült el a palota déli szárnyrésze és a Bokályos-ház, 1646-ban pedig a Lorántffy-loggia, amely az udvar legértékesebb dísze. 1627-re épült fel az Új-Bástya és 1656-ban emeltek új szintet a Vörös-toronyra ágyúállással, magas gúlatetővel, sarkain négy őrtornyocskával.

A XVII. századi építkezések eredménye az északkeleti sarokbástya szegletén, az emeleten kiugró Sub Rosa erkély, amely a kerek erkélyszobácska festett boltozatának stilizált zárókövét díszítő rózsáról kapta elnevezését. A Sub Rosa sarokerkélyt a hozzáfűződő történelmi esemény tette híressé: itt folytak a Wesselényi-féle szervezkedés második szakaszának tárgyalásai. Ennek megbosszulásaként császári csapatok szállták meg Patakot, így a XVII. század végén és a XVIII. század első éveiben a pusztítás, a rombolás alapjaiban veszélyeztette a vár létét. 1702-ben a császáriak felrobbantották a külső várat és megrongálták a Vörös-tornyot is.

1703-ban, amikor II. Rákóczi Ferenc kurucai elfoglalták, leégett a fényes várkastély is. Ennek ellenére itt tartották a Rákóczi-szabadságharc 1708-as, a fegyveres harcokban résztvevő jobbágyok hajdúszabadságát rögzítő országgyűlését. A Rákóczi-szabadságharc után osztrák-német eredetű birtokosai voltak a várnak egészen 1945-ig. A Trautson, a Bretzenheim és végül 1875-től a Windischgratz család volt a tulajdonosa. Trautson herceg barokk ízlésben újíttatta meg, a Bretzenheim hercegi család idején kapta a várkastély a romantikus és eklektikus ízlésű külső és udvari homlokzatait, megőrizve ugyanakkor a Vörös-torony XVI-XVII. századi, késő reneszánsz jellegét.

A vár falai között megfordult Bocskai István, Bethlen Gábor, Comenius. Történelmünk nevezetes eseményei kötődnek a helyhez: Rákóczi Zsigmond és Pfalzi Henrietta esküvője, a hegyaljai kurucfelkelés, a Rákóczi-szabadságharc 1708-as, jobbágyfelszabadító országgyűlése. A hazai késő reneszánsz építészet legértékesebb együttesei közé tartozó történelmi épület ma a Magyar Nemzeti Múzeum Rákóczi Múzeuma állandó kiállításának ad helyet.