Nevét a 14. században kapta Árpád-házi Margit hercegnőről, IV. Béla király lányáról, aki a királynak a tatárjárás alatt tett fogadalmához híven a Domonkos-rend apácakolostorában élt itt a 13. században.

Nevezték még Szent András szigetének is, majd pedig az ott levő ájtatos hajlékok után Boldogságos Szűz Mária vagy röviden Boldogasszony szigetének. A törökök, valószínűleg az ott élt és a magyarok által sűrűn emlegetett, de onnan elmenekült apácák után Lány-sziget, Kyszadaszi néven emlegették, ha szó esett róla.

A Nyulak szigetének latin elnevezése Insula leporum volt. A legenda szó szerint azt írja, hogy a Boldogasszony szigete „annak előtte mondatik vala Nyulak szigetének”. Az Insula leporum valóban fordítható így is a latin lepus (’nyúl’) szó alapján, de a szerkezet származhat a lepor (’ékesség, dísz’) szóból is, ez esetben jelentése: Ékességek szigete. Torgmayer Ottó régész szerint a nyulak szigete elírás is lehet, hiszen a latin név egy betű kihagyásával (hibás másolásával) keletkezhetett a leprások szigete latinul: Insula leprorum szóból is. Az itt épült ispotályok és a terület várostól elszigetelt volta valószínűsíti a régész feltevését.

A 19. század elején Palatinus-, vagy magyarosan Nádor-szigetnek hívták. 1809-től újra Margitszigetnek nevezik, bár egy ekkor írt cikkben még megemlítették korábbi nevét is (Nádor-sziget), amely József nádor élete végéig (1847) használatban maradt.

A szigeten számos védett növény- és állatfaj talált menedéket. A pihenő, sétáló emberek gyakran láthatnak itt fekete rigót, harkályféléket (például nagy fakopáncs), mókusokat. A ritka növények közül érdemes megemlíteni a páfrányfenyőket (Ginkgo biloba).

A Margit-sziget első kertészeti emléke a Domonkos-rendi apácák kolostorkertje, ahol fűszer- és gyógynövényeket is termesztettek. A sziget parkosítását József nádor megbízásából Tost Károly végezte. A nádor mintegy 300 fafaj meghonosítását kezdeményezte a Margit-szigeten, és alcsúti kastélyának parkjában egyaránt, így például ők telepítették először az azóta általánosan elterjedt díszfát, a platánt.